牛病毒性腹泻病与其他几种疾病的区别诊断是牧场动物健康管理中的一个重要课题。首先，牛病毒性腹泻病在感染后会引起急性的口腔炎症，随后伴随剧烈的腹泻，并且粪便逐渐变成稠状，这与恶性卡他热的末期表现相似，但恶性卡他热的腹泻通常较轻微。而口蹄疫虽然也可能导致腹泻，但症状轻微，不如其他几种疾病严重。蓝舌病则没有明显的腹泻症状，而传染性鼻气管炎的腹泻同样相对较轻。

在眼部检查方面，牛病毒性腹泼不伴有眼炎，而口蹄疫和恶性卡他热均可见到眼炎的情况，其中恶性卡他热还会出现角膜浑浊。蓝舌病和传染生气管炎都有眼炎表现。但这些疾病在口腔、鼻腔等部位都可能发生损害，其特征各异：牛病毒性腹泼导致口腔、鼻腔呈糜烂坏死；而恶性卡他热则表现为充血、糜烂但无水泡；口蹄疫则有水泡并溃烂；蓝舌 病中存在糜烂情况；传染生气管炎软腭上常见脓疱。

至于皮肤和蹄部的情况，恶 性卡他热常见丘疹、疱疹、龟裂及坏死，而口 踞疫主要影响乳房，出现水泡和烂斑。两者都不含有脑膜炎或生殖道感染等症状，与传 疫生气管炎不同。此外，牛 病毒 性 腹 泄 亦 可 引 起 流产 或 生 出 小 脑 缺陷 的 犊 牛。

从组织学观点来看，牛 病 毒 性 腹 泄 主要表现在消化道黏膜上，有大量出血斑块以及溃疡迹象。而悪 性 卡 他 热 则 见 到 消 化 道 黏 粘 上 充 血 并 有 出 血 斑 块 现 象。 口 踞 疾 症 则 是 心 肌 变 性 为 主，同时心脏外观上有一些色泽不一致的条纹形态。在藍舌 病 中，可見於脾臟與肾臟增大，以及肌肉出血變硬並發現水肿狀況，並且會見到「烤肉」狀態之舌頭。在傳染氣管 炎 中，最具特異性的則是呼吸道黏膜發作為慢性的哮喘樣嚴重惡化的情況，以及腦內組織受損及非結核型神經節潰瘍，這種情況導致了神經系統上的症狀出現。