牛病毒性腹泻病与其他常见的疾病如牛恶性卡他热、口蹄疫、蓝舌病以及传染性鼻气管炎进行鉴别诊断时，需要细致地观察和比较各自的临床表现。首先，牛病毒性腹泻病在发作初期会伴随剧烈的腹泻，其粪便逐渐变得浓稠，而恶性卡他热则是末期阶段出现严重腹泻的情况。相比之下，口蹄疫中的腹泻情况较轻微，而蓝舌病和传染性鼻气管炎中的腹泻同样不显著。

此外，这些疾病在眼部症状上的差异也十分明显。牛病毒性腹泻无眼部症状，而口蹄疫也不有眼部问题；而恶性卡他热则会导致眼睛出现炎症、角膜混浊甚至完全失明。而蓝舌病和传染性鼻气管炎都可能引起眼内充血或出血。

在口腔和鼻咽方面，这些疾病的表现也有所不同。在牛病毒性腹泼中，口腔和鼻咽呈现糜烂坏死状态；而恶性卡他热则表现为充血糜烂但没有水泡形成；口蹄疫中，则有水泡并且溃烂；蓝舌 病中有糜烂迹象存在；至于传染性的鼻气管炎，它主要以软腭上出现脓疱为特征。

值得注意的是，在肢体方面，只有牛病毒型胃肠炎、恶 性卡他热及传染性的鼻气管炎这三种疾害不会引起蹄部问题。而另外两种，即口蹄疫及蓝舌 病，则会导致动物患有的明显的蹄部损伤。此外，不同类型的感染还可能对动物造成皮肤丘疹、水泡形成以及龟裂坏死等多种皮肤反应，其中最极端的是暴露出的组织死亡。而在生殖系统层面，有几种感染能够引发流产或怀孕女性生育障碍，并且对于新生命造成神经系统缺陷。

最后，从解剖学角度来看，每一种疾害都有一系列独特的地理分布。当发现消化道黏膜大量腐烂并伴随着溃疡时，那很可能是由牛羊痘（bluetongue）引起。但如果我们看到心肌发生变质，以及心脏表面显示颜色异常变化条纹，我们就可以确定这是由一种叫做“猪瘟”的高温急性的非感冒呼吸道感染所致。这类感染通常包括了免疫系统受损，使得宿主容易受到更多潜伏细菌感染带来的威胁，如结核杆菌等。此外，如果发现脾脏和肾脏迅速膨胀，并伴随肌肉出血变质以及水肿，那么这很可能是一场从畜牧业污水源环境转移到人群健康领域的问题：即称为“狂犬”的一系列神经退行作用突变综合征，其中包括猝倒、中风等多个相关分支效应。