牛病毒性腹泻病与其他常见的牛疾病，如恶性卡他热、口蹄疫、蓝舌病以及传染性鼻气管炎，需要进行精确的临床诊断区别。首先，从症状上看，牛病毒性腹泻病通常表现为剧烈的腹泻，其粪便逐渐变成稠糊状，而恶性卡他热则是末期时出现严重的腹泻情况；口蹄疫虽然也会有轻微的腹泻，但主要特征是水泡和溃烂；蓝舌病则没有明显的腹泻症状；而传染性鼻气管炎只有一定的轻微腹泻。

其次，从眼部症状来分析，牛病毒性腹泻并不会引起眼部炎症，而口蹄疫同样不会产生眼部问题；相反，恶性卡他热可能导致角膜浑浊且充血不透明。而蓝舌病和传染性鼻气管炎都伴随着眼睛发炎的情况。

在口腔和鼻咽方面，不同疾病也有所差异：牛病毒性的肠道损害呈现出糜烂坏死状态；恶性卡他热则表现为充血和糜烂但无水泡形成；口蹄疫则有水泡并伴随着溃烂迹象；蓝舌 病中，这些区域出现糜烂感，但不同于前述几种情况。至于传染型鼻咽癌，它以软腭表面脓疱突出的形式展现在我们面前。

此外，在动物体表及内脏方面，我们也能找到一些区分这些疾患的手段：比如说，仅限于某些疾患（如恶劣天气）中的皮肤丘疹、疱疹或龟裂坏死，以及乳房上的水泡或坏伤痕迹（特指口蹄疫）。同时，由于某些特殊原因，比如脑膜炎或者生殖系统感染等，都可能成为判断一种或多种疾程是否存在的一个重要线索。在这种情况下，与之相关联的小脑缺陷或产后畸形小牲畜也是一个标志性的提示。

最后，在进行进一步细致检查时，可以通过观察消化道黏膜是否存在大量腐败斑点以及心肌是否发生了变质，以确定是否属于某一类型。此外，对脾脏及肾脏扩大、肌肉出血/变质/浮胀以及“烂嘴”的状况进行评估，也将帮助医生做出正确诊断。而对于呼吸道黏膜红肿、脑神经系统发作及非化脓性的神经节痛等特征，则是对那些具有类似状况的小群体中成员所必需的一项评估标准。