1）使用原核表达系统（大肠杆菌系统）或真核表达系统（酵母系统）在体外表达猪流感病毒流行株的HA基因和NA基因，然后收获、浓缩和纯化目的蛋白，然后进一步接种疫苗准备和免疫。该方法的优点是制备过程简单猪流感的治疗，目的蛋白得率大，主要成分可定量配置。但由于体外表达的蛋白质难以维持或恢复天然蛋白质的空间结构，蛋白质纯化过程复杂，成本高，整体免疫效果不如传统全病毒灭活疫苗。. 2）将猪流感病毒免疫原（HA和NA）基因单独或与细胞因子编码基因（白细胞介素6、干扰素γ等）串联克隆到真核表达质粒中，然后将重组DNA质粒导入体细胞，通过在体内的内源性表达并呈递给免疫系统，诱导宿主产生特异性免疫反应，起到保护作用，这就是所谓的DNA疫苗。研究结果表明，单纯依靠猪流感病毒HA基因免疫的DNA疫苗效果并不理想（特异性抗体水平低，攻击保护差）。用常规灭活疫苗加强免疫可以显着提高免疫保护水平。然而，总的来说，这类DNA疫苗的免疫效果不可靠，重复性差。与传统的全病毒灭活疫苗相比，还有一定的差距。从实验室阶段到成型产品的开发需要很长时间。 3) 活载体基因工程亚单位疫苗。目前，这是一种被寄予厚望并可能商业化的疫苗。用作载体的有人腺病毒5(HAd5)、猪腺病毒3(PAV3)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、杆状病毒等。其中以腺病毒为载体的猪流感亚单位基因工程疫苗较为成熟。如华南农业大学等单位研制的部分产品已进入转基因安全性评价和临床试验阶段，预计发展前景良好。腺病毒载体有很多优点：（1）腺病毒颗粒比较稳定，病毒基因组重排频率低，能在包装细胞中有效复制；(2) 他们是安全的，未发现腺病毒与宿主基因的整合；（3）腺病毒基因组比较大（约36kb），外源基因容量也大（已证实外源DNA的插入量可达7.5kb）；④ 腺病毒除在肠道和呼吸道繁殖外，还可以感染肝细胞和血管内皮细胞、血管平滑肌细胞、神经胶质细胞等体细胞，腺病毒感染对受体细胞是否处于状态不严格阶段; ⑤腺病毒载体可以很容易地将外源基因直接转移到靶细胞中，使其获得有效表达。研究证实，用携带H1N1亚型猪流感病毒HA S~HNA基因的重组腺病毒疫苗（2×109TCID）免疫40日龄实验猪2周后猪流感的治疗，H1抗体水平超过1:160，可有效抵抗同一亚型。猪流感毒株的攻击。人们在不断研发新的活载体基因工程疫苗的同时，也在努力解决抗原浓度高、二级免疫受一级免疫抗体干扰、部分猪对细胞疫苗过敏等问题。希望这种疫苗在不久的将来能够广泛使用。作为传统全病毒灭活疫苗的补充应用。可以有效抵抗同种亚型。猪流感毒株的攻击。人们在不断研发新的活载体基因工程疫苗的同时，也在努力解决抗原浓度高、二级免疫受一级免疫抗体干扰、部分猪对细胞疫苗过敏等问题。希望这种疫苗在不久的将来能够广泛使用。作为传统全病毒灭活疫苗的补充应用。可以有效抵抗同种亚型。猪流感毒株的攻击。人们在不断研发新的活载体基因工程疫苗的同时，也在努力解决抗原浓度高、二级免疫受一级免疫抗体干扰、部分猪对细胞疫苗过敏等问题。希望这种疫苗在不久的将来能够广泛使用。作为传统全病毒灭活疫苗的补充应用。希望这种疫苗在不久的将来能够广泛使用。作为传统全病毒灭活疫苗的补充应用。希望这种疫苗在不久的将来能够广泛使用。作为传统全病毒灭活疫苗的补充应用。