非典型鸡新城疫主要发生于已经做了鸡新城疫苗免疫但抗体水平不高或不均衡的鸡群，有新城疫母源抗体的雏鸡群和常有本病发生而饲养管理水平较差的鸡场。该病一年四季均可发生，在冬、春季最常见，临床症状和病理变化差异很大。

临床常见以呼吸道症状为主，病鸡呼吸困难，张口伸颈，发出“咕噜”声；产蛋鸡产蛋量下降，蛋品质下降，种蛋孵化率下降；有些病鸡排出黄绿色粪便，常有零星死亡；有些病程长的病鸡有歪头、扭颈、角弓反张等神经症状。鸡群精神状况不佳、生长发育迟滞。病变主要是喉头、气管充血、出血，粘液增多，少量病鸡的腺胃粘膜、乳头有少量出血点以及肌胃角质膜下有出血斑。小肠呈卡他性炎症，有时肠粘膜出血，盲肠扁桃体肿胀、出血，泄殖腔粘膜充血、出血，但这些典型的病变较为少见，一般呈非典型病变。

以弱毒疫苗(如新―支二联弱毒苗等)进行基础免疫后再用油乳剂灭活疫苗进行加强免疫可获得较好的免疫效果，但要根据本场实际制订合理的免疫程序并且切实加强饲养管理。