牛病毒性腹泻病与其他几种疾病的鉴别诊断具有重要意义。首先，需要区分的是牛病毒性腹泻病、恶性卡他热、口蹄疫、蓝舌病和传染性鼻气管炎。这些疾病在临床表现上存在显著差异。

牛病毒性腹泇主要以剧烈的口腔炎为特征，随后会伴随着大量粪便排出，这些粪便最初可能是稀薄的，但随着时间的推移变得更加浓缩和坚硬。在对比中，恶性卡他热虽然也会引起腹泻，但这种情况往往只出现在疾病晚期，而口蹄疫则表现为轻微甚至不明显的腹泻。而蓝舌病和传染性鼻气管炎在这一点上更是没有明显的腹泻症状。

此外，在眼部检查方面，牛病毒性腹泇通常不会出现眼部炎症的情况，而口蹄疫同样缺乏眼部感染迹象。相反，恶性的卡他热会导致眼睛出现充血和糜烂，并且角膜可能变成浑浊。而蓝舌 病以及传染性鼻气管炎都会引发一定程度上的眼部感染。

尽管所有这些疾病都可能影响动物的大脑区域，如口腔及鼻咽，但是它们各自特有的组织损伤模式仍然提供了区分它们的手段。在牛病毒性腹泇中，可以观察到严重黏膜坏死；而在恶性的卡他热中，则可见到黏膜充血并伴有坏死；对于口蹄疫来说，它最具特征的是心肌变质，这一变化使得心脏呈现出异常色泽；蓝舌 病则由脾肿大、肾肿大以及肌肉出血、水肿等所主导；最后，对于传染式鼻咽炎，其标志性的改变包括呼吸道黏膜炎症，以及神经系统如脑脊髓或非化脓觉神经节等多种形式的问题。

因此，从临床表现和组织学改变来看，每一种疾程都有其独特之处，使得医生能够通过这些差异进行准确诊断，并采取相应措施来控制流行并保护牲畜健康。