细菌性叶斑病发病症状为初期叶背出现水渍状病斑，随后扩大形成连片，边缘有黄晕。防治方法包括在发病初期使用77%多宁500倍或3%中生菌素800倍喷施2-3次，每4-5天一次。

蔓枯病主要危害瓜蔓、叶片，瓜蔓常裂开表面密生小黑点，严重时溢出琥珀胶。农业措施如严格控制土壤水分减少瓜菜伤口避免田间漫灌水。在发病时可用25%凯润乳油1800倍或32.5%阿米妙收悬浮剂1500倍进行喷施。

哈密瓜白粉病由闭囊壳随植物越冬，以气流、雨水传播。当湿度大、植株茂密通风不良时易发。防治方法包括加强田间管理增施磷钾肥及时整枝发现病叶摘除深埋或烧毁，并在发病初期喷施硫磺悬浮剂200～300倍液，或15%粉锈宁67克，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或70%甲基托布津1000倍液。

真菌性叶枯和红粉两种疾患同样会影响哈密瓜的产量和品质。真菌性叶枯主要危害于7月至8月期间，当高温、高湿条件下尤其容易发生。而红粉则以浅褐色近圆形至不规则形的斑点呈现，其边缘无明显，浅褐色上生白色霉状物。此两类疾患均需及早采收减少伤口并在贮运过程中控制好温湿度通风散湿。

最后根结线虫是另一重要疾患，它通过乳白色的根结感染主根与侧根，对苗期尤为致命。一旦发生，则需要彻底清除残体深翻土壤并采用日光高温消毒灭虫法来处理。此外，还可选用1.8%-98%-100%必速灭微粒剂对土壤进行处理或者使用22.5-30千克/公顷的3%米乐尔颗粒剂均匀施与定植沟等方法进行预防和治疗工作。