在多雨季节，小龙虾养殖面临着光照不足、地表污物和泥土入侵等问题，这些都会影响池塘水质，导致藻类生长不旺盛，甚至死亡。这些死亡的藻类在分解过程中会产生有害物质，对小龙虾造成慢性或急性中毒，尤其是正在蜕壳或刚完成蜕壳的小龙虾更易受到伤害。

此外，长时间的阴雨天气还可能引起小龙虾吸收钙质能力下降和自身免疫力减弱，从而导致蜕壳不遂和软壳病。此外，由于水质变坏，病原体繁殖增加，也会加剧小龙虾疾病的发生。

为了应对多雨季节的小龙虾养殖中的挑战，可以采取以下措施进行水体调控和疾病预防：

在梅雨季节前，用强氯精化水后全池泼酒，以清除潜在的细菌。

增加石灰使用频率，每半月使用一次，并根据需要调整浓度，以促进水体自净。

使用光合细菌活化器500克/亩·米，在阳光充足时进行活化，全池泼洗，以增强池塘自净能力。

在连续阴雨天后，可使用em菌粉300克/亩·米与噬菌蛭弧菌200ml/亩·米结合使用，以提高生物过滤效果并预防疾病。

保持池塘中至少有一第三部分覆盖以植物，如通过人工割除来增加光照面积，如果植物不足则投入补充以提升营养水平供给给小龙虾。

投喂优质饲料，并定期添加免疫多糖及维生素C到饲料中，以提升抵抗力并改善身体状况。