根据《国家重点基础研究发展计划》有关规定，我所彭于发研究员任项目首席科学家的“农业转基因生物安全风险评价与控制基础研究”项目应于2011年8月结题。根据科技部“973计划项目结题验收办法”和 “关于2011年973计划项目结题验收工作安排的通知”精神，经科技部基础研究司审核批准，2011年9月28日~30日在杭州市对项目所属各课题进行会议验收。会议由中国水稻研究所承办。
项目下达部门、依托部门和依托单位高度重视项目课题验收工作，开幕式由中国农业科学院科技管理局副局长陆建中研究员主持，科技部基础研究司钱万强博士、农业部科技教育司窦茂海主任、我所所长吴孔明研究员、中国水稻研究所所长程式华研究员参加会议并讲话。我所科研管理处郑传临处长、项目所属课题负责人和部分学术骨干以及项目管理办公室工作人员等30余人参加了会议。
项目首席科学家会同项目依托部门农业部组建了课题验收专家组。课题验收专家组由11人组成，项目首席科学家彭于发研究员任组长，成员包括项目专家组成员、领域专家咨询组责任专家以及项目依托部门管理专家。课题验收专家组涉及农业部、中国科学院和教育部等部门，地方科研院所、高等院校的学术专家以及农业部科技教育司和中国农业科学院科技管理局的管理专家。
课题验收专家组在全面听取各课题负责人及学术骨干汇报和审议课题结题总结报告的基础上，经过质疑和认真讨论，主要依据课题计划任务书、课题计划任务书调整方案和课题结题验收总结报告，严格审核了所获成果的真实性，对各课题计划任务完成情况、研究成果的水平及创新性、课题对项目总体目标的贡献、研究队伍创新能力、人才培养情况以及数据共享与数据汇交情况、技术资料归档情况、经费使用情况等做出了实事求是的评价。专家组在充分肯定各课题良好工作状态和取得显著成绩的基础上，还认真分析了存在的问题，提出了下一步需要深入研究的方向。经无记名打分，项目所属7个课题得分均在90分以上，获得了全部为优秀的成绩，其中我所主持的“靶标害虫抗性遗传演化机理”课题获得第一名的好成绩。
课题验收工作完成后，项目首席科学家会同课题负责人和部分学术骨干，认真总结了课题验收工作，分析了农业转基因生物安全的国内外形势，针对验收专家提出的建设性意见和建议，研讨了今后的工作思路和发展方向，编写了项目结题总结报告，为项目验收打下良好基础。